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Sélection moléculaire et ressources génétiques du riz Tulaipanji (in French)
Roy, Subhas Chandra
Synopsis "Sélection moléculaire et ressources génétiques du riz Tulaipanji (in French)"
Ce livre traite des divers aspects de la variation des SNP/Indels dans les lignées de descendance (Tulaipanji x Ranjit) et les ressources génétiques du riz sauvage Oryza rufipogon. Les germoplasmes de riz ont été décrits sur la base des propriétés morpho-physicochimiques, de l'analyse GCMS, du MEB des grains et des granules d'amidon. La technologie TILLING/Eco-TILLING basée sur la génétique inverse a été illustrée pour l'extraction d'allèles. La méthode GBS basée sur la NGS (Illumina) a été employée dans cette étude pour analyser les variations SNP et InDel et leur schéma d'introgression dans les lignées de descendance F5 (P-awn et P-awnless). Le nombre total de SNP identifiés était de 52 810 et celui des indels de 4 327. Ces variantes n'étaient pas réparties uniformément sur les 12 chromosomes (d'après le Golden Helix G Browser). L'étude a montré que sur un nombre d'allèles de 10013, 92,52% ont été introgressés dans P-awn à partir de Tulaipanji et 7,485 à partir de Ranjit, en revanche, P-awnless a porté 89,19% à partir de Ranjit et 10,81% à partir de Tulaipanji. Cela est dû à une distorsion de la ségrégation. De nombreuses variations SNP sont associées à des caractères importants. Comme la GA20-oxydase (gène sd1), l'Argonaute et la protéine Dicer avec le domaine PAZ. Fichiers Fastq de quatre lignées de riz avec NCBI SRA Accession no. SRP077861, SRP077919, SRP077947 & SRP077977.
